1855
De Smet reist nach Kentucky und Ohio, besucht die Colleges von Chicago, Milwaukee und Cincinnati und hält sich auch in Philadelphia, Baltimore, New York und Washington auf.
Der Gouverneur des Washingtoner Territoriums, Isaac Stevens, übt starken Druck auf die Indianerstämme im Nordwesten aus, große Teile ihres Landes aufzugeben und in Reservaten zu leben. Er schließt eigenhändig Verträge mit ihnen, Verträge, die später heftig umstritten sein werden. Um die Interessen der Indianer zu schützen, nehmen die Jesuiten der Oregon Mission an dieser Konsultation teil. Antonio Ravalli rät den Indianern, die Vorschläge der Weißen anzunehmen, da sie wissen, dass sie sonst gewaltsam entfernt werden.
General William Harney rächt sich an den Sioux-Indianern, die zunehmend gegen den Vertrag von Laramie verstoßen. Mitte September überrascht er eine Gruppe Brulé-Sioux-Indianer in der Nähe von Ash Hollow. Das Lager von Little Thunder am Blue Water Creek wird komplett zerstört.
1856
Als die Yakima-Indianer die Bedeutung der Verträge, die sie mit Stevens geschlossen haben, vollständig erkennen, revoltieren sie massenhaft. Antonio Ravalli kann seine Indianer im Nordwesten davon überzeugen, sich dem Widerstand nicht anzuschließen.
Die University of St. Louis hat jetzt mehr als 300 Studenten. Im September reist De Smet nach Europa.
1857
Im Juli wird De Smet mit 7 Rekruten in die Vereinigten Staaten zurückkehren.
Im Oktober versinken die USA in einer wirtschaftlichen Depression. In St. Louis fallen etliche Banken zusammen, die Bautätigkeit kommt zum Erliegen, viele Fabriken schließen und die Schiffe liegen still. Wer seinen Job verliert, wird aggressiv. Es ist Zeit für einen Sündenbock. Um vom Finanzdebakel und dem wachsenden Dissens zwischen Nord und Süd über die Abschaffung der Sklaverei (Abolitionismus) abzulenken, wird die latente Abneigung gegen die nonkonformistische Lebensweise der Mormonen geschürt. Um dem Erfolg der Mormonen Einhalt zu gebieten, wollen die Amerikaner ihren Freistaat Deseret annektieren. Im Oktober eskortieren 3.000 Soldaten einen von den USA ernannten Gouverneur für das geplante Territorium nach Salt Lake City. Mormonenführer Brigham Young spricht von einer regelrechten Provokation. Eine mormonische Armee stoppt die Invasion, indem sie es unmöglich macht, die American Expeditionary Force zu versorgen. Sie überfallen den Konvoi, nehmen alle Pferde, Maultiere und Rinder und zünden die Wagen an. General Harney wird mit frischen Truppen beauftragt, die belagerte Invasionstruppe zu entlasten, den neuen Gouverneur zu beschützen und Ordnung in Salt Lake City zu bringen. Harney ist ein hartgesottener Kämpfer. Er hat mit den Indianern in Florida, Texas und New Mexico zu tun gehabt und vor zwei Jahren hat er den Brulé Sioux im oberen Missouri einen schweren Schlag versetzt. Weil drei Viertel seiner Armee aus Katholiken bestehen, braucht er einen katholischen Kaplan.
Am 14. Dezember besucht Kapitän John Mullan auf dem Weg nach Washington Pierre-Jean De Smet in St. Louis. Er hat eine traurige Nachricht. Der Vorsteher von St. Mary in Kansas, Pater Duerinck (ein Cousin von De Smet), ertrank auf dem Weg nach St. Louis im Missouri River.
1858
De Smet trotzt Schnee und Eis, um die Mission St. Mary zu besuchen. Auch im April gibt es wieder schlechte Nachrichten. Am 10. April verstarb sein politischer Verbündeter Thomas Hart Benton in Washington DC.
Beckx erkennt an, dass die Zusammenführung der Missionsarbeit in Kalifornien und Oregon ein Fehler ist. Pater Congiato fällt es schwer, sich von Santa Clara aus ein Bild von der Situation in den Rocky Mountains zu machen. Oregon wird nun ein separates Board haben.
Als im Nordwesten Gold entdeckt wird, halten sich die Weißen nicht an die zuvor getroffenen Vereinbarungen. Vom Goldrausch aufgepeitscht, betreten sie illegal das Land der Indianer (um das Colville-Reservat herum). Die Indianer sind wütend und dieses Mal können die Geistlichen sie nicht zurückhalten.
Im Mai bittet Harney De Smet ihn, ihn als Kaplan auf der Militärexpedition nach Deseret, Utah, zu begleiten. Auch de Smet hasst offenbar die Mormonen und möchte, dass diese Konkurrenten aus den USA verschwinden. Bei den Jesuiten hat sich die Situation in St. Louis inzwischen so entwickelt, dass sich De Smet etwas mehr befreien kann. Er nimmt Harneys Einladung an, da sie ihm ermöglicht, den Indianern im Nordwesten nahe zu kommen. Wenn die Arbeit erledigt ist, kann er möglicherweise seine Missionen aus Utah erneut besuchen und vielleicht sogar eine neue Mission unter den Blackfoot gründen. Der Provinzial Murphy erteilt De Smet die Erlaubnis, als Kaplan zu dienen. Am 15. Mai wird De Smet offiziell vom Kriegsminister ernannt. Während der Fahrt mit der Twilight nach Fort Leavenworth trifft De Smet zum ersten Mal auf Henry A. Boller. Um den 15. Juni herum verlässt De Smet Fort Leavenworth in Kansas mit Harneys Truppen nach Westen. De Smet hat ein Zelt, um unterwegs Beichten zu nehmen und die Messe zu feiern. Entlang der Platte spricht De Smet mit vorbeiziehenden Pawnee-, Sioux- und Cheyenne-Indianern. De Smet stellt fest, dass entlang der Platte viele Bauernhöfe und sogar einige Dörfer gebaut wurden. Die sagenumwobene Straße nach Westen, der Oregon Trail, ist übersät mit kaputten Wagen, Skeletten, zerrissener Kleidung und allerlei weggeworfenen Haushaltsgegenständen. Drei Wochen später und 500 Meilen entfernt, wo die Strecke den South Platte River überquert, erreicht Harney die Nachricht, dass die Mormonen jeglichen Widerstand eingestellt haben und dass der neue Gouverneur bereits eingesetzt wurde. Harney wird zur Umkehr befohlen und so bleibt der Expedition keine andere Wahl, als umzukehren. Zurück in St. Louis bietet De Smet seinen Rücktritt an, aber im Nordwesten kommt es zu Unruhen und Harney wird befohlen, auch dort den Frieden wiederherzustellen. Und so bleibt De Smet vorerst im Dienst.
Seit 15 Jahren haben sich die Indianer des Nordwestens recht gut angepasst. Viele Inder sind erfolgreiche Bauern geworden. Die Ernte ist gut, es gibt Windmühlen und jedes Jahr werden neue Felder in Betrieb genommen. Doch der Frieden ist brüchig. Der Goldrausch hat eine Vielzahl von Abenteurern in den Westen gelockt. Unter den Einwanderern aus den USA, Mexiko, Peru, Chile, den Sandwichinseln (Hawaii) und Europa gibt es viel Abschaum. In Kalifornien gibt es ein Rudel außer Kontrolle geratener Deserteure, Diebe und Mörder. Über Nordkalifornien erreicht das Klima der Gesetzlosigkeit auch die nordwestlichen Gebiete (heute Oregon, Washington, Idaho und Montana). Die Indianer sind ein leichtes Ziel für die weißen Schurken. Sie werden immer weiter in die Berge getrieben. Manchmal bezahlen die Siedler die Indianer für ihr Land, ihre Pferde und Felle, aber normalerweise herrscht die Vorstellung vor, dass nur ein toter Indianer gut ist. Genauso wie in Kalifornien gibt es im Nordwesten organisierten Völkermord, so werden in Oregon und Washington die Indianer, die sich in den Weg stellen, schamlos massakriert. Es wird Geld für das Scalping gegeben und sowohl Kinder als auch Älteste werden als Ziele benutzt. Ressourcen und Lebensmittel werden vergiftet. Pockenverseuchte Kleidung wird verteilt. Bezahlt wird oft mit Feuerwasser (Alkohol schlechter Qualität). In 10 Jahren wird die indische Bevölkerung von 100.000 auf 30.000 schrumpfen. Goldgräber besetzen das Land der Cayuse, der Walla Walla, der Nez Percé, der Yakima und der Spokane. Auch die sogenannten Reduktionen geraten unter Druck. Die St. Paul-Mission in der Nähe von Fort Colville, die 1845 von Pater De Vos für den Kettle gegründet wurde, ist unwiederbringlich verloren gegangen. Die Kettle verkaufen ihr Land an die Weißen und fliehen in den Alkohol. Ende 1858 geben Vercruysse und Ravalli schließlich auf und ziehen mit einigen Getreuen zur Mission nach Coeur d'Alêne. Pater Josets Sacred Heart ist ebenfalls in Schwierigkeiten. Für Cayuse, Nez Percé, Yakima und Paloose ist die Größe voll. Diesmal gehen sie in den Widerstand. Im Frühjahr 1858 traf Colonel Edward Steptoe im Willamette Valley ein, um den Frieden um Fort Colville gewaltsam wiederherzustellen. Auf seinem Weg zum Fort durchquert er das Land der friedliebenden Coeur d'Alêne-Indianer. Trotz Pater Josets Protest fordert Steptoe den Coeur d'Alêne heraus. Sie nehmen die Herausforderung an und töten 2 Offiziere und eine Reihe von Soldaten. Die Amerikaner ziehen sich zurück und lassen ihr Gepäck und eine Kanone zurück. Nach diesem Vorfall, der Steptoe-Katastrophe, trifft das Feuer die Pfanne. Die Indianer halten sich für unbesiegbar und die USA befinden sich im Krieg mit den Indianern des Nordwestens.
Am 20. September brach Harneys Armee mit der SS Star of the West von New York nach Panama auf. Am 29. September reisen sie mit dem Zug in 3 Stunden vom Atlantik an den Pazifik. Am 2. Oktober brechen sie mit 1.300 Prospektoren per Schiff nach Kalifornien auf. Bei ihrer Ankunft in San Francisco am 16. Oktober erfährt Harney, dass der Krieg in Washington so gut wie vorbei ist. Zwei Konfrontationen, eine im August und die andere im September, genügten Colonel George Wright, um die rebellischen Spokane- und Coeur-d'Alêne-Indianer in die Knie zu zwingen. De Smet bleibt im Hauptquartier der Jesuiten in Kalifornien und lernt so die schnell wachsende Stadt San Francisco erneut kennen. Am 20. Oktober dampft das Expeditionskorps weiter zur Mündung der Columbia. Am 23. Oktober segeln sie in die turbulente Mündung des mächtigen Stroms und einen Tag später beraten sie sich in Fort Vancouver. Nach ihren Schlägen wollten die Indianer um jeden Preis Frieden. Die Aufständischen waren bereit, die Indianer mit Blut an den Händen sowie eine Reihe von Geiseln auszuliefern. Wright verschwendete keine Zeit. Als Harney ankommt, hat Wright bereits 11 Anführer der Aufständischen erhängt und hält 33 weitere Geiseln in Fort Walla Walla fest. De Smet schlägt vor, als Bote in das Gebiet der Indianer zu gehen, den Winter mit ihnen zu verbringen und sich im Frühjahr zu melden. Die Coeur d'Alêne leben 400 Meilen von Fort Vancouver entfernt. Am 29. Oktober bricht De Smet mit einem Dolmetscher nach Fort Walla Walla auf. Am 1. November erreicht er Dalles City. Dort setzt er seine Reise in einem Krankenwagen der Armee fort. Er passiert die Mündungen der Flüsse Deschutes, John Day und Umatilla und erreicht am 10. November Fort Walla Walla. Dort trifft er Pater Congiato und Colonel Wright mit seinen indischen Geiseln. De Smet schlägt vor, die Geiseln in seiner Obhut zu lassen. Wright ist gegen diesen Vorschlag, aber der Kommandant von Fort Walla Walla sieht die Angemessenheit des Vorschlags und lässt sie gehen. Die befreiten Geiseln dienen nicht nur als Führer, sie sorgen auch dafür, dass De Smet bei den rebellischen Stämmen mehr als willkommen ist. In 3 Tagen reist die Gruppe von Fort Walla Walla zum Ufer des Lake Coeur d'Alêne. An der North Fork des Coeur d'Alêne River erreichen sie am 21. November die Sacred Heart Mission. Dort kümmern sich die Patres Gregory Gazzoli und Louis Vercruysse sowie Bruder François Huybrechts um mehrere Coeur d'Alêne-Familien. Für De Smet ist es ein bewegender Moment, nach 12 Jahren ist er endlich wieder in der Mission, von der er so viel erwartet hat! Was er sieht, enttäuscht ihn nicht. Die Väter haben ihr Möglichstes getan. Zwischen den Häusern steht eine schöne Kirche. Zwischen den Feldern und Wiesen stehen Scheunen und es gibt sogar eine Wassermühle. Das darf nicht verloren gehen! Er ist entschlossen, alles zu tun, um die Indianer wieder auf den richtigen Weg zu bringen. De Smet überwintert in der Sacred Heart Mission und feiert dort zu Weihnachten die Mitternachtsmesse. De Smet schreibt einen Brief an Harney, in dem er vorschlägt, mit einer Reihe von Häuptlingen nach Fort Vancouver zu reisen, um einen endgültigen Frieden zu schließen.
1859
Nach Sacred Heart will De Smet auch die anderen Missionen besuchen. Im Februar will er zu den Kalispels, dem Pend d'Oreille und auch zu seiner ersten Mission, St. Mary, im Tal des Bitterroot River, wo noch viele Flathead-Familien leben. Er möchte auch nach St. Ignatius gehen, eine Mission, die er noch nie gesehen hat und die 5 Jahre zuvor in Mission Valley gegründet wurde. Mission Valley liegt ein paar Meilen nördlich von St. Mary. Es ist noch früh und es wird eine schwierige Kanufahrt auf dem Clark River. Nach 22 Tagen hat er nur die ersten 160 Kilometer zurückgelegt. In St. Ignatius geht alles seinen gewohnten Gang. Pater Adriaan Hoecken hat dafür gesorgt, dass sich die 2.000 konvertierten Indianer aus dem Konflikt herausgehalten haben. In Mission Valley wartet De Smet auf die gute Nachricht, dass Harney seinen Vorschlag annehmen will. Auch die Kootenai besuchen De Smet. Viele Flathead-Indianer leben immer noch in der Nähe von St. Mary und die Ältesten trauern immer noch um Mengarini, den sie nach seiner Abreise überall vergeblich gesucht haben. Im April überzeugt De Smet die Häuptlinge der Pend d'Oreille, der Kalispels, der Flathead, der Coeur d'Alêne, der Yakima und der Spokane (auch den unnachgiebigen Rebellen Kamiakin), ihm nach Harney zu folgen.
Am 16. April bricht De Smet mit 9 Häuptlingen nach Fort Vancouver auf. Es wird eine schwierige Reise sein, die mehr als einen Monat dauern wird. Der Schnee ist an manchen Stellen 2 Meter dick, das Wasser in den meisten Flüssen ist sehr hoch und die weiten Wälder sind übersät mit umgestürzten Bäumen, die den Durchgang versperren. Mit großer Mühe können sie aus den verschneiten Bergregionen herauskommen, um am 13. Mai in Fort Walla Walla anzukommen. Nach 5 Tagen Ruhe reist De Smet alleine nach Fort Vancouver. In Fort Walla-Walla benimmt sich der Agent der Flathead-Indianer, John Owen, ziemlich hochmütig gegenüber den zurückgelassenen Indianern, und eines Nachts putzt Kamiakin den Teller. Als Harney das erfährt, ist er wütend über Owens dummes Verhalten. Inzwischen sind auch die Chiefs in Fort Vancouver eingetroffen, sodass die Beratungen am 28. Mai beginnen können. Alles läuft nach Plan. Die Indianer bleiben dort 3 Tage. Harney verspricht ihnen eine Heimat zwischen den Rockies, den Bitterroot Mountains und dem Kootenai River. Das Reservat würde von den Jesuiten betrieben und von den USA geschützt. De Smet hat offenbar das Vertrauen von General Harney, denn der General befolgt den weisen Rat des Missionars. Aber die Regierung in Washington denkt anders. Der Gouverneur des Washington-Territoriums, Isaac Stevens, hat sich wie üblich inzwischen selbst mit den Umatilla-, Yakima-, Nez-Percés- und Coeur-d'Alêne-Indianern arrangiert. Stevens Vereinbarungen werden vom Kriegsministerium ratifiziert.
De Smet erhält von den Militärbehörden die Erlaubnis, auf dem Landweg zurückzureisen. Am 15. Juni verlässt er mit den indischen Unterhändlern Fort Vancouver. Er folgt der Columbia flussaufwärts, durchquert die Spokane-Wüste, um den nördlichen Arm des Coeur d'Alêne River hinauf zur Mission Sacred Heart zu reisen. Von dort geht er mit Pater Congiato auf einem neuen, aber schwierigen Weg nach St. Ignatius im Mission Valley. Am 7. Juli erreichen sie die Sacred Heart Mission in Coeur d'Alênes. Sie bewegen sich über die Bitterroot Mountains nach St. Ignatius am Flathead. Am 22. Juli brechen sie mit ein paar indischen Führern für die letzten 320 Kilometer nach Fort Benton auf. Am 26. Juli überqueren sie die kontinentale Wasserscheide und folgen dem Sun River bis zu seiner Mündung in der Nähe der Great Falls des Missouri. Dort treffen sie Pater Hoecken und Bruder Magri. Am 29. Juli erreichen Congiato und De Smet Fort Benton, wo Hoecken die St. Peter-Mission für die Blackfoot errichtete.
De Smet wollte zu Pferd nach St. Louis reiten, aber die beschwerlichen Bergreisen haben die armen Tiere völlig erschöpft. Es gibt keine andere Möglichkeit, als ein bemanntes Ruderboot zu mieten. De Smet fährt mit 3 Ruderern und einem Piloten ab. Der Missouri bahnt sich seinen Weg durch die endlose Prärie. Hier und da gibt es Felsen oder es gibt einen Wald. Wenn es dunkel wird, zelten sie manchmal an den Ufern des Missouri, aber normalerweise bevorzugen sie eine Insel oder eine Sandbank im Fluss selbst, denn die Gefahr ist nie weit entfernt. Die Fahrt geht schnell, mit 80 bis 130 Kilometern pro Tag segeln sie den Missouri hinunter. Zum Glück bleiben die hungrigen Wölfe, die aggressiven Graubären und die tückischen Pumas fern. Unterwegs begegnen sie Crow und anderen Indianern. Am 18. August besucht De Smet die Assiniboin-Indianer in Fort Union. Am 22. August die Hidatsa und Mandan bei Fort Berthold. Dort ist er zu Gast bei Henry Boller. Am 24. August besucht er die Arikara in Fort Clark. Am 1. September ist er Gast der Sioux in der Nähe von Fort Pierre und trifft sich am 8. September mit Colonel Munroe in Fort Randall. Erst am 9. September begegneten sie dem ersten Dampfer in der Nähe von Omaha City. Es ist der Thom E. Tudd. De Smet kauft sich einen Platz, um die letzten 1.000 Kilometer nach St. Louis bequemer und vor allem geschützt zurückzulegen. So kommt De Smet am 23. September in St. Louis an. Er besucht Dr. Moses Linton und hält seine Erfahrungen im Tagebuch des Arztes fest. In 2 Jahren hat De Smet wieder 24.000 Kilometer zurückgelegt.
Pater Joset startet die Mission in Fort Colville neu. Am Sun River errichtet Pater Hoecken eine neue Mission für die Blackfoot: St.-Peter.