1837
Während seiner vierjährigen Abwesenheit ist St. Louis erheblich gewachsen. Die Bevölkerung hat sich verdoppelt (15.000) und die französisch-spanischen Siedler haben ihre Vorherrschaft verloren. So sind in kurzer Zeit 6.000 deutsche Einwanderer angekommen.
Unter der fachkundigen Leitung von Elet und dank einer Reihe renommierter Lehrer wie Pater Van de Velde ist die University of St. Louis zu einer Erfolgsgeschichte geworden. Die Universitätsbibliothek verfügt über Tausende von Büchern. Die belgische Finanzhilfe hat den Pfarreien Florissant und St. Charles geholfen. Im Noviziat gibt es sogar einige Gemälde flämischer Meister. Nicht weniger als 61 Jesuiten sind missionarisch tätig.
Der US-Kongress hat einem Plan zugestimmt, 200.000 Inder aus dem Osten der USA in den Westen zu deportieren. Sie bekommen ein neues Zuhause westlich des Mississippi. Rom gab sofort die Erlaubnis, Missionen unter diesen vertriebenen Indianern einzurichten. Pater Van Quickenborne arbeitet seit einiger Zeit mit diesen vertriebenen Indianern (Iowa und Osage). Letztes Jahr ließ er sich mit Christiaan Hoecken und 3 Laienbrüdern im neu angekommenen Kickapoo im Norden von Kansas nieder. Das Leben ist hart. Pater Van Quickenbornes Gesundheit hat angeschlagen und er zieht nach Portage des Sioux in der Nähe von Florissant, wo er am 17. August stirbt. Pater Verreydt geht zu Christiaan Hoecken, um ihm mit dem Kickapoo zu helfen. Das Urteil der meisten Jesuiten über das Verhalten der Indianer fällt nach wie vor negativ aus. Sie sind unzuverlässige, rebellische und saufsüchtige faule Diebe. Das Gefühl ist wechselseitig. Ein Jahr später gaben die Kickapoo die Mission endgültig auf und folgten dem Beispiel der Prärie-Indianer als freie Jäger.
Die Jesuiten von Missouri geben jedenfalls nicht auf und beschließen, an der Mündung des Nebraska eine zweite Mission zu errichten. Dort lebt eine große Anzahl von Potawatomi-Indianern, die gezwungen waren, das Gebiet von Chicago in Michigan zu verlassen. Sie ließen sich am Missouri River unweit der Mündung des Nebraska (der Platte) nieder und lagerten in Council Bluffs, direkt gegenüber der heutigen Stadt Omaha. Die Potawatomi bitten schon seit einiger Zeit um Hilfe. Während der Sommermonate besuchen Pater Verreydt und Bruder Mazelli sie, um zu sehen, ob es nicht möglich ist, eine Mission bei den Potawatomi-Indianern zu beginnen.
1838
Am 26. Januar schrieb De Smet einen Brief, aus dem hervorgeht, dass er inbrünstig hoffte, dass Pater Verhaegen ihm diese Aufgabe übertragen würde. Sein Wunsch wurde erfüllt und am 2. Mai verließ De Smet St. Louis auf dem Dampfer Howard über den Missouri zu seiner neuen Missionsstation. Am 10. Mai erwarten ihn Pater Felix Verreydt und Bruder John Mazelli in Fort Leavenworth. Der Howard hat alle möglichen technischen Probleme. In Fort Leavenworth wechselt die Gruppe zur Wilmington. Der Missouri ist ein schwer zu befahrender Fluss mit vielen Hindernissen, Inseln, Sandbänken und Untiefen. An der Küste leben nicht viele Menschen. Der Fluss fließt vorbei an hohen Felsen, dunklen Höhlen, durch dichte Wälder und die endlose Steppe, besser bekannt als die Prärie. Es gibt viel Strom. Um vorwärts zu kommen, muss ein Schiff ausreichend Tiefgang haben und mit voller Kraft segeln. Es besteht immer die Gefahr von Untiefen, unsichtbaren Hindernissen und einer Explosion des Kesselhauses. Als das Boot anhält, um zu bunkern (Holz als Brennstoff zu lagern), besucht De Smet die einheimischen Indianer: die Iowa, die Sauk und die Oto.
Nach einer 29-tägigen Reise landeten sie am 31. Mai am Strand des Lake Manawa, einem Seitenkanal des Missouri. Dort warten 2.000 Inder resigniert und gleichgültig auf sie. Ihr Häuptling William (Billy) Caldwell, ein Halbblut irischer Abstammung, begrüßt die Missionare und bietet ihnen 3 Hütten in der Nähe seines Lagers an. Es ist 6 Kilometer weiter nördlich. De Smet und seine Begleiter nehmen die Einladung dankbar an. Eine der Kabinen wurde ein Jahr zuvor von Colonel Stephen Watts Kearny während einer Kampagne genutzt, um die 3.000 Potawatomi aus Indiana und Illinois vor den Angriffen ihrer Nachbarn, der gefürchteten Sioux-Indianer, zu schützen. Das Gebiet, in dem die Potawatomi gezwungen sind, sich niederzulassen, liegt im Westen von Iowa. Es ist das Jagdrevier der Sioux und sie würden die Eindringlinge lieber loswerden.
Eine Blockhütte wird zur Missionskirche umgebaut. Neben der St. Joseph's Church bauen die Missionare weitere Hütten. De Smet merkt schnell, dass die Potawatomi einige Mängel haben. Sie sind lieber faul als müde, haben mehrere Frauen, spielen und sind alkoholabhängig. De Smet greift sofort zur Feder. Er wendet sich an die US-Regierung, doch die Jesuitenführung schwächt seinen Protest gegen den Spirituosenhandel ab. Manchmal werden die Indianer zu Hunderten gleichzeitig krank. Sie sind den Keimen, die die Europäer mitgebracht haben, nicht gewachsen, und wenn es zu einer Epidemie kommt, gibt es große Verluste. De Smet meint, dass die Umweltverschmutzung etwas mit dem Ernst der Sache zu tun hat. Er gründet eine Schule und bald besuchen etwa dreißig Jungen regelmäßig den Unterricht. Die Pawnee-Loup und die Omaha kommen, um die Missionare zu sehen. Sie leben wirklich in der Wildnis. Während der Wintermonate müssen die Missionare Schusswaffen benutzen, um sich vor aggressiven Bären und hungrigen Wölfen zu schützen.
(Die Missionsstation im heutigen Council Bluffs befand sich ungefähr an der Ecke Pierce Street und Union Street.)
1839
Nach dem Winter, wenn das Eis des Missouri gebrochen ist, können die Schiffe wieder den Fluss hinauf nach Westen segeln. Am 20. April kommt ein Schiff, um die Mission zu versorgen. Aber in Sichtweite des Ankerplatzes und vor De Smets Augen sinkt das Schiff mit Material im Wert von mehr als 1.000 Dollar an Bord. Eine Säge, ein Pflug, ein Paar Stiefel und etwas Wein ist alles, was De Smet retten kann.
Die Potawatomi werden regelmäßig von anderen Indianern bedroht. Die Oto, die Pawnee und die Sioux sammeln ihre Skalps. Unter den Potawatomi machen vor allem die gefürchteten Sioux-Indianer regelmäßig Opfer. In Absprache mit Billy Caldwell beschließt De Smet, den Feind, die Yankton Sioux, zu besuchen. De Smet fährt mit der St.-Peter der American Fur Company (AFC) zur Mündung des Vermillion River. An Bord trifft De Smet die Entdecker Joseph Nicollet und John Frémont sowie den deutschen Botaniker Charles Geyer. Aufgrund des niedrigen Wasserstands, des starken Gegenwinds, der Sandbank und der anderen Hindernisse dauert die Reise zur Mündung des Vermillion 12 Tage.
Die Yankton Sioux hören höflich zu, was De Smet zu sagen hat. Er plädiert für seine Potawatomi-Indianer und die Yankton akzeptieren seine Friedensvorschläge. 2 Yankton-Ruderer begleiten De Smet sogar im Kanu auf seiner Rückreise nach Council Bluffs. Doch bei seiner Ankunft stellt sich heraus, dass die Potawatomi nicht weniger als 100 Morde untereinander begangen haben, alle unter dem Einfluss des verfluchten Feuerwassers, das ihnen von einer Reihe skrupelloser Weißer verkauft wird. Im August gefällt es De Smet nicht mehr. Er erwägt, die Mission zu schließen.
Am 18. September legt die vierte und letzte Flathead-Delegation in St. Joseph an. Sie sind der junge Ignace la Mousse und Pierre Gaucher, zwei katholische Flathead-Indianer. Sie kommen aus den Rockies und sind auf dem Weg nach St. Louis, um nach einem schwarzen Rock zu fragen. De Smet gibt ihnen einen Brief für Pater Verhaegen.
Bei ihrer Ankunft versprechen Rosati und Verhaegen dem Flathead, einen Missionar zu schicken. Pierre Gaucher geht sofort, um dem Flathead die gute Nachricht zu überbringen. Ignace la Mousse wird den Winter auf der Kickapoo-Mission in Kansas verbringen. Im nächsten Frühjahr kann er helfen, die Jesuiten nach Westen zu führen. Mit Gaucher wird ein Treffen mit den Jesuiten am Ufer des Green River für Ende Juni 1840 vereinbart. Dort wird jährlich ein Treffen von Trappern, Pelzhändlern und Indianern organisiert.